Mehdi dá uma resposta a esta pergunta no Relatório Stronglifts. Não é baseado na ciência real, mas sim em evidências anedóticas, eu cito aqui. (Página 58)

A propósito, cuidado com as pessoas dizendo para você fazer meio agachamento em vez de bater paralelo. Meio agachamento NÃO é mais seguro para os joelhos, eles podem na verdade destruí-los porque causam desequilíbrios musculares (muito desenvolvimento de quadríceps, mas pequenos coxas / glúteos). Seu corpo é projetado para agachar abaixo da paralela. Por que você acha que os bebês naturalmente se sentam na posição inferior de agachamento quando brincam com brinquedos? E se isso fosse realmente ruim para seus joelhos, seu corpo não seria projetado de forma a impedir que você agachasse paralelamente em primeiro lugar? De fato.

Todo o mito “Deep Squats Are Bad” é espalhado por amigos de ginástica que machucam os joelhos fazendo agachamentos errados, que é como a grande maioria dos frequentadores de academia faz isso. Eu te desafio a encontrar 10 caras em sua academia que agacham com técnica adequada. Quando esses caras vão buscar ajuda para seus joelhos doloridos, aqueles médicos idiotas concluem erroneamente que o exercício foi a causa, e não a técnica ruim. Eu só conheci um médico até agora que me recomendou o agachamento paralelo. Francamente, fiquei pasmo. Mas, novamente, ele fez agachamentos. Todos os outros médicos, do passado e do presente, me disseram que levantar pesos é ruim para a saúde, embora o American College of Sports Medicine - a maior organização científica do exercício & em medicina esportiva do mundo - recomende o levantamento de peso.

Conversei com um médico de medicina esportiva e ele concordou com isso. Contanto que não seja doloroso e você observe a técnica correta, os agachamentos profundos são seguros. Isso significa que se concentre na técnica correta em vez de aumentar o peso. Se as coisas ficarem muito pesadas, é provável que você adapte uma técnica inadequada que causa problemas para seus joelhos.
Outra coisa é que suas articulações e ossos não estão crescendo tão rápido quanto seus músculos. Se você acabou de começar a praticar esportes, convém ir um pouco mais devagar, pois eles precisam de mais tempo para se adaptar às novas circunstâncias.

Há também um vídeo feito pelo Medhi onde ele explica (e desenha) como fazer um agachamento profundo de maneira adequada.

Em vez de abandonar totalmente o que você lê no levantamento de peso, confira a seção de agachamento de Starting Strength (pesquise na Amazon). É daqui que Mehdi tira muito / a maior parte de sua técnica, pelo que eu posso dizer. Faça o que o Starting Strength diz, use o site Stronglifts para obter informações extras.

Para mim, pessoalmente, tento manter a barra no meio do pé e ir ao máximo para o paralelo (tive alguns problemas nas costas quando estava tentando vá fundo). YMMV

Para abordar uma postagem de seis anos atrás:

A pessoa que dá o conselho não sabe do que está falando.

A menos que você tenha algum outro tipo de problemas médicos graves que você não nos contou, é basicamente impossível para uma pessoa de 21 anos de 95 kg agachar 25 kg de forma a se machucar de forma aguda ou crônica, mesmo que tentasse intencionalmente faça isso. Um corpo humano não é tão frágil neste tipo de cenário.

Dito isso, vale a pena agachar-se e agachar com boa forma, mas aprenda a fazê-lo seguindo o conselho de alguém que sabe do que estão falando.